Tenemos que remontarnos al curso escolar 96/97 para encontrar el embrión de lo que hoy conocemos como I.E.S. Aliste.

Nació como Sección de Educación Secundaria, con cuatro unidades (dos primeros y dos segundos de E.S.O.), y dependía del I.E.S. “Universidad Laboral” de Zamora. El Director era el mismo para los dos Centros y en la Sección había un Secretario y una Jefa de Estudios. La plantilla se completaba con ocho profesores, un ordenanza y una persona encargada de la limpieza. El edificio era compartido con el C.E.I.P. “Virgen de la Salud”.

Durante el curso 97/98 sigue siendo Sección que depende del I.E.S. “Universidad Laboral” de Zamora, pero ya no se comparte edificio con el C.E.I.P., se estrena uno nuevo construido al lado del de Primaria. Hay dos unidades más e imparten docencia trece profesores.

En el curso 98/99 pasa a ser Instituto de E.S.O.La denominación específica deI.E.S. "Aliste" fue aprobada por Orden de 30 de agosto de 2001 de la Consejería de Educación y Cultura (B.O.C.yL. de 19 de septiembre de 2001).

Actualmente el Centro consta de ocho unidades y en él trabajamos veintiocho profesores, dos ordenanzas, una administrativa, cuatro empleadas de limpieza y una persona encargada de la cafetería .